Das sind diese sogenannten "Hybrid" Stepper, Die werden meist mit einer anderen Aufläsung betrieben als der Encoder hat.
Daher ist dann immer ein gewisser "Schrittfehler" einkalkuliert.
Wenn du die Schrittzahl so einstellst, dass sie sich mit der Encoder Auflösung deckt, sollte das weg oder zumindest deutlich weniger sein.
Vorausgesetzt du berenzt im Treiber den zulässigen "Schleppfehler" dann auch auf das minimum.