HEUREKA!
Ich habs raus. Das Problem waren die Linearführungen die eigentlich Spiel haben sollten auf dem Profil auf dem sie aufgeschraubt waren. Das Spiel hat sich aber beim anziehen der Schrauben erledigt, da die Nutensteine von unten (nicht sichtbar) automatisch zentriert haben.
Nach aufbohren und befestigen mittels durchgehender Schrauben konnte ich das Spiel wirklich nutzen und die Führungen wirklich parallel zueinander ausrichten.
Aufgefallen ist mir das Ganze nachdem ich anstelle der Laserröhre einen kleinen Red Dot Laser vorgeschraubt habe und live verfolgen konnte wie sich der Punkt verschiebt. nach initialen Lösen der Linearführungen ist mir dann aufgefallen, dass die Führung auf einer Seite "schiebt".
Jetzt ist also der merkliche horizontale Versatz der Testpunkte beseitigt und auf allen 4 Ecken wird der gleiche Punkt getroffen.
Ein kleines Problem habe ich allerdings noch... Mir ist aufgefallen, dass der Testlpunkt ab ca. 15cm vor Ende der Y Achse rechts, also vor der äußersten Position des Laserkopfes, über den restlichen Weg plötzlich im Bogen nach rechts unten abfällt. (ca. 3mm). Kann das mit einer kleinen Anhöhe in der Linearführung an dieser Stelle zu tun haben?