Ohne jetzt was unterstellen zu wollen - ich glaube eher nicht daran, dass das ein Fehler vom Hersteller oder ein falsche Jumper war.
Selbst wenn Du eine 5V Versorgung aus zwei verschiedenen Quellen anschließt, hält sich der Effekt in Grenzen. Anders schon bei falscher Spannung (12V, 24V...), Verpolung oder auch Querströmen, wenn Netzteile keinen Common-Ground haben. Schlimmstenfalls kann auch ein schrottiges Netzteil OV auf Netzpotential setzen oder (wie bei mir mal... ) ein vergessener Flachstecker von der Stromversorgung beim Anschalten auf der Platine liegen.
Nicht unwahrscheinlich scheint mir ein Verkabelungsfehler. Wenn die +-15V vom Galvo an der Platine einschlagen, ist es auch vorbei. Daher den SubD25 immer doppelt messen, am Besten erkennt man es an den immer zu 3 Pins zusammengefassten 15V Versorgungen.
Wenn es tatsächlich nur die beschiebenen ICs erwischt hat, hast Du vielleicht noch eine Chance der Reparatur. Die Platine ist dafür einfach genug. Hat es den FPGA getroffen, ist Schluss.
Gruß
Uli